La Subdirección General Ejecutiva establece estrategias y mecanismos tendientes a potencializar el desarrollo de las y los educandos que habitan en los pueblos indígenas, con pleno respeto a la identidad cultural; coordina las acciones de supervisión, asesoría, apoyo y evaluación en las Unidades Delegacionales Regionales.

También conduce las acciones tendientes a asegurar que la adquisición, conservación, uso, distribución y administración de recursos materiales y servicios generales destinados a las escuelas se realicen de conformidad. Además, diseña programas y mecanismos innovadores tendientes a coordinar los esfuerzos institucionales para disminuir el regazo educativo.