La Dirección Financiera elabora y coordina la aplicación del Programa Operativo Anual, señalando los objetivos específicos, las áreas responsables y los tiempos estimados de ejecución, Confirma, con las unidades administrativas, que las metas de sus programas sean congruentes con los recursos autorizados.

Elabora, conforme a las políticas y a la normativa aplicable en la materia, las estructuras salariales y montos de las remuneraciones del personal del Instituto y las somete a consideración del Oficial Mayor. Participa, con la Dirección Administrativa y las instancias federales competentes, en el sistema de pagos al personal al servicio de la educación en Oaxaca. Administra con honestidad, transparencia y eficiencia el presupuesto de ingresos y egresos de los servicios educativos asignados al Instituto.

Inspecciona y supervisa a las unidades administrativas, así como a los planteles educativos, verificando el buen uso de los recursos materiales, humanos y financieros conforme a las normas y políticas establecidas en la materia.