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Dirección Administrativa
- Departamento de Control de Inversión de Programas Federales
- Departamento de Recursos Financieros
- Departamento de Recursos Humanos
- Departamento de Recursos Materiales y Servicios Generales
Dirección de Auditoría «B»
- Actos de entrega recepción, transferencias de bienes y bajas documentales
- Procesos relacionados con auditorías, visitas de inspección y demás actos de fiscalización
- Seguimiento a auditorías realizadas por órganos fiscalizadores externos
Dirección de Auditoría «C»
- Departamento de Calidad de Obra
- Departamento de Evaluación a Obras y Programas
- Departamento de Seguimiento a la Inversión Pública
- Departamento de Seguimiento de Obra
- Departamento de Supervisión a Costo
Dirección de Contraloría Social
- Departamento de Atención Ciudadana
- Departamento de Capacitación a Municipios
- Departamento de Seguimiento a Programas Sociales
Dirección de Quejas, Denuncias e Investigación
- Departamento de Evolución Patrimonial
- Departamentos de Investigación, Quejas y Denuncias “A”, “B” y “C”
Dirección de Responsabilidades Administrativas y Situación Patrimonial
- Departamento de Inconformidades de Proveedores y Contratistas
- Departamento de Registro de Sanciones, Patrimonial y de Conflicto de Interés
- Departamentos de Procedimientos Administrativos “A”, “B” y “C”
Dirección de Transparencia, Ética e Integridad Pública
- Departamento de Datos Personales
- Departamento de Gobierno Abierto
- Departamento de Políticas y Herramientas en materia de Transparencia
- Departamento de Ética e Integridad Pública
- Unidad de Transparencia