Oficina de la Secretaria
Dirección Administrativa
- Departamento de Control de Inversión de Programas Federales
- Departamento de Recursos Financieros
- Departamento de Recursos Humanos
- Departamento de Recursos Materiales y Servicios Generales
Unidad de Informática y Estadística
- Departamento de Estadística
- Departamento de Tecnologías de la Información
Subsecretaría de Auditoría y Supervisión en Obra
Unidad de Vinculación con el Sistema Nacional de Fiscalización
Dirección de Auditoría «A»
- Coordinación de Auditoría A1
- Departamentos de Auditoría A1
- Coordinación de Auditoría A2
- Departamentos de Auditoría A2
Dirección de Auditoría «B»
- Coordinación de Auditoría B1
- Departamentos de Auditoría B1
- Coordinación de Auditoría B2
- Departamentos de Auditoría B2
Dirección de Auditoría «C»
- Coordinación de Auditoría C
- Departamentos de Auditoría C
- Departamento de Seguimiento a la Inversión Pública
- Departamento de Evaluación a Obras y Programas
- Departamento de Supervisión a Costos
- Departamento de Calidad de Obra
- Departamento de Seguimiento de Obra
Dirección de Control Interno de la Gestión Pública
- Coordinación de Control y Evaluación de la Gestión Pública
- Departamentos de Seguimiento de la Gestión y el Desempeño Gubernamental.
- Departamento de Evaluación de la Gestión Pública
Subsecretaría de Contraloría Social y Transparencia
Dirección de Contraloría Social
- Departamento de Seguimiento a Programas Sociales
- Departamento de Capacitación a Municipios
- Departamento de Atención Ciudadana
Dirección de Transparencia, Ética e Integridad Pública
- Departamento de Ética e Integridad Pública
- Departamento de Políticas y Herramientas en Materia de Transparencia
- Departamento de Gobierno Abierto
Subsecretaría de Responsabilidades Administrativas y Anticorrupción
Unidad Auxiliar y de Recursos
Dirección de Quejas, Denuncias e Investigación
- Departamento de Investigación, Quejas y Denuncias A
- Departamento de Investigación, Quejas y Denuncias B
- Departamento de Investigación, Quejas y Denuncias C
- Departamento de Inconformidades de Proveedores y Contratistas
Dirección de Responsabilidades Administrativas y Situación Patrimonial
- Departamento de Evolución Patrimonial
- Departamento de Procedimientos Administrativos A
- Departamento de Procedimientos Administrativos B
- Departamento de Procedimientos Administrativos C
- Departamento de Registro de Sanciones Patrimonial y de Conflicto de Interés
Dirección Jurídica
- Departamento de Normatividad
- Departamento de Procedimientos Jurídicos
- Departamento de Revisión y Seguimiento a Procedimientos de Contratación de Adquisiciones A
- Departamento de Revisión y Seguimiento a Procedimientos de Contratación de Adquisiciones B
- Departamento de Revisión y Seguimiento a Procedimientos de Contrataciones de Obras A
- Departamento de Revisión y Seguimiento a Procedimientos de Contrataciones de Obras B