El objetivo de la Secretaría de Asuntos Indígenas es planificar, coordinar, promover y ejecutar políticas, programas y acciones de gobierno, con la finalidad de lograr el desarrollo político, jurídico, económico, social y cultural de los pueblos indígenas del Estado de Oaxaca, a partir de sus propias concepciones y con su participación plena y efectiva, garantizando el debido reconocimiento y la implementación de los derechos de los pueblos indígenas, en particular su derecho a la libre determinación, contenidos en los instrumentos legales estatales, nacionales e internacionales.