El Departamento de Capacitación tiene como objetivo el hacer llegar a todos los sectores de la población, el mensaje de prevención del VIH/Sida e ITS, ejecutando programas de enseñanza, sensibilización y capacitación, con la finalidad de lograr una cultura de educación en la Sexualidad. A fin de cumplir con el citado objetivo se apoya en los siguientes programas de capacitación: Jóvenes, UniverSida, Población móvil y migrante, Mujer y Sida, VSV, Población abierta y Actualización a trabajadores de la salud.