- Dirección Administrativa
- Subsecretaría de Políticas Transversales
- Subsecretaría de Interculturalidad y Atención al Rezago Educativo
- Coordinación de Alfabetización Para el Bienestar
- Dirección de Interculturalización de la Educación
- Dirección de Atención al Rezago Educativo
- Subsecretaría de Planeación para la Educación Media Superior y Superior
- Dirección de Planeación, Programación y Evaluación
- Dirección de Educación Media Superior
- Dirección de Educación Superior